1991年，倪氏家族当时稳坐香港的黑帮龙头位置，旗下有五大头目控制了不同的地区。但龙头倪坤突然被枪杀，掀起了惊心动魄的江湖斗争。当晚，四大头目看准倪家必定大乱，均欲伺机背叛发难，只有新晋的韩琛(曾志伟)一人仍忠于倪家，因他深信因果循环……

刘健明与陈永仁是两人身份混乱，各自身为警方及黑社会的卧底，多年努力后爬升至重要位置，分别为黑社会大哥韩琛和黄志诚警司提供大大小小的情报。2002 年一次毒品交易的拉锯战中，警方和黑社会同样根据卧底提供的情报行动，结果双败而回，暴露了双方均有卧底的事实，引发两方面清除内鬼的决心……

2001年：这是最好的时代。仁在琛麾下潜伏两年，终于获派与神秘的内地商人澄商讨运毒交易，仁却不知已踏进琛布下的陷阱。警司黄志诚(黄秋生)察觉仁不受控制，决意要他放弃任务，同时强逼他会见李医生(陈慧琳)进行心理辅导，结果李医生逐渐成为了仁的精神支柱，两人更产生微妙关系。此时，琛却命令仁向澄痛下杀手。仁为了完成卧底任务，决定背叛黄警司，踏出最冒险的一步……

2004年：这是最坏的时代。仁殉职后十个月，明(刘德华)被架空职权，负责琐碎的警署工作。眼看年轻警司荣(黎明)成为警队内的新星，明彷佛看见以前的自己。但更相似的，是荣竟可能同是黑帮派入警队的卧底！明多番追查，却总被一个神秘的瘸子阻挠，原来他竟是韩琛(曾志伟)旧日的生意伙伴澄(陈道明)。当荣与澄连手对付自己时，明被逼面对已隐藏的过去……